Les v CHKO.Lesy na území CHKO Moravský kras zaujímají plochu 5345 ha, tj. 58,6 % rozlohy chráněné krajinné oblasti. Rozsáhlejší lesní komplexy jsou zejména ve střední a jižní části území.

Zastoupení dřevin není rovnoměrné. Smrk ztepilý výrazně převládá v severní části, buk lesní ve střední a habr obecný spolu s duby v jižní části chráněného území. To je způsobeno jednak přírodními podmínkami, jednak rozdílným způsobem hospodaření v minulosti.

V severní a střední části v minulosti výrazně dominovala poptávka po bukovém dříví, z kterého se pálilo dřevěné uhlí pro vysoké pece. V severní části byla vykácena převážná většina původních bukových porostů, které byly poté nahrazeny smrkovými monokulturami. Ve střední části byly bukové porosty přirozeně obnovovány a často byla přirozená obnova doplněna dalšími druhy dřevin. Porosty s převahou buku tak zůstaly zachovány. Lesy v jižní části pak do začátku 20. století sloužily jako zásobárna palivového dříví pro město Brno, což vedlo k obhospodařování těchto lesů jako pařeziny. Postupně zde tak převládl především habr, který neustálé stínání nejlépe snáší.