Lesy Moravského krasu poškozuje nejvíce vítr. V létě se občas objevují škody suchem. Ve velkém rozsahu se vyskytly zejména v průběhu 80. a začátkem 90. let 20. století a jejich důsledkem je následné přemnožení kůrovců na smrku i odumírání některých dubových porostů.

Významným škodlivým činitelem je zvěř, zejména srnčí ve střední části území, místně i muflon. Zvěř škodí především okusem mladých dřevin a ohrožuje tak v některých partiích přirozenou obnovu lesa, případně škodí selektivním okusem, kdy poškozuje málo zastoupené druhy dřevin (např. jeřáb břek, jedle bělokorá).