Území CHKO Moravský kras je částečně obhospodařováno Moravským rybářským svazem. Do severní části zasahují revíry MO RS Blansko (ponorová oblast Bílé vody a Sloupského potoka včetně přítoků). Jedná se o pstruhové revíry. Křtinský potok ve střední části chráněné krajinné oblasti je chovný revírem MO RS Adamov a rybolov zde není povolen. Oblast Říčky – revír Líšeňská Říčka 2 je obhospodařován MO RS Brno 4. Rovněž se jedná o pstruhový revír. Řeka Punkva (oblast pod vývěry) je součástí režijního revíru Lesů ČR s. p.