CHKO je rozčleněna do čtyř zón ochrany přírody, které stanovují základní podmínky, co a za jakých podmínek je možné na daném místě dělat.

I. zóna 

Do první zóny spadají vyhlášená maloplošná zvláště chráněná území a další přírodně nejhodnotnější plochy.

II. zóna

Do druhé zóny byla zařazena území s významnými přírodními hodnotami, která nejsou chráněna formou MZCHÚ. Tvoří převážně ochranné pásmo v okolí I. zóny.

III. zóna

Sem byly zařazeny plochy hospodářsky obdělávaných pozemků. Spadá sem jak orná půda, méně cenné lesní komplexy i některé travní porosty. Rovněž jsou do třetí zóny převážně na Kokořínsku zařazeny plochy s architektonicky a krajinářsky hodnotnou zástavbou ​​​​​​.

IV. zóna 

Tato zóna tvoří jen malou část z celkové plochy CHKO. Tvoří ji intenzivněji obhospodařovávané části, člověkem využívané plochy a část sídel i zastavitelných území, jak jsou vymezena podle platných územních plánů.